Perpustakaan SMA N 1 Pundong berdiri tidak lama setelah SMA N 1 Pundong diresmikan, yaitu pada tahun 1992. Pada awal berdirinya, jabatan kepala sekolah dipegang oleh Drs. Sunarto, sebagai PLT, sebab beliau menjabat sebagai Kepala SMA N 1 Jetis secara definitif, sehingga keberadaan perpustakaan sekolah waktu itu belum begitu diperhatikan.
Memasuki tahun 1993, sewaktu Drs. Muslim Syukur menjabat menjadi Kepala Sekolah, perpustakaan sekolah mulai dilirik keberadaannya. Modal awal perpustakaan hanya beberapa ruang yang difungsikan sebagai ruang audio visual, ruang referensi, ruang sirkulasi, dan ruang Kepala Perpustakaan. Ditunjuklah Agriyati, S. Pd. sebagai Kepala Perpustakaan SMA N 1 Pundong yang pertama.
Menjabat sebagai kepala perpustakaan yang masih seusia jagung, Agriyati, S. Pd. merasa pelayanan yang diberikan masih belum maksimal karena hanya sekadar peminjaman buku paket. Kami masih memiliki banyak kekurangan dan keterbatasan dari segi jumlah buku koleksi, petugas perpustakaan, dan sarana prasarana lain.
Tahun-tahun selanjutnya Kepala Perpustakan SMA N 1 Pundong dijabat oleh Imelda AT, S. Sos, dan Dra. Siswandarti namun pada saat itu kondisi perpustakaan masih biasa saja belum ada perkembangan yang berarti. Kegiatan layanan peminjaman buku masih terbatas karena koleksi yang belum banyak.
Memasuki tahun 2004, Drs. Kun Purwanto sebagai kepla sekolah menunjuk Bapak Sumpeno S. Pd. sebagai kepala perpustakaan. Sejak saat itu, kondisi dan keberadaan perpustakaan sekolah mulai menggeliat. Kerja sama yang terjalin antara sekolah dengan Sampoerna Foundation sangat memberikan dukungan positif.
Perubahan yang sangat mencolok tampak di tahun 2006. Akibat Gempa Yogya (tahun 2005) yang meluluh lantahkan bangunan sekolah sekaligus perpustakaan sekolah, Sampoerna Foundation memberikan bantuan berupa pembangunan gedung perpustakaan serta mebeler. Selain itu, mereka juga memberikan pelatihan, diklat, dan workshop kepada tenaga perpustakaan.
Berbagai bentuk kerja sama juga telah dilakukan oleh Perpustakan SMA N 1 Pundong. Diantaranya kerja sama antarinstansi dengan SD Baran dan Perpustakaan Daerah. Berbagai lomba baik baik pada tingkat kabupaten maupun provinsi telah diikuti juga. Pada tahun 2013, perpustakaan SMA N 1 Pundong meraih Juara Harapan II pada tingkat Kabupaten. Sedangkan pada tahun 2015, meraih Harapan II pada lomba yang diadakan oleh BPAD DIY.
Sejak berdirinya perpustakaan sekolah, nama perpustakaan SMA N 1 Pundong belum dimiliki seperti perpustakaan sekolah lainnya. Baru setelah Drs. Sartono, M. Pd. menjabat sebagai Kepala SMA N 1 Pundong, beliau memberikan nama untuk perpustakaan sekolah. Nama yang diberikan adalah INDRA PRASTHA. Indra Prastha merupakan nama kerajaan besar di negri Hastinapura. Harapan besar sekolah untuk membudayakan literasi, gemar membaca, mencari sumber-sumber ilmu bagi peserta didik di lingkungan sekolah. Sumber ilmu itu adalah perpustakaan Indra Prastha. Tempat belajar yang menyenangkan, nyaman, dan penuh edukatif.